扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤病，其最佳治疗方法需综合考虑患者情况，通常包括药物治疗、物理治疗及免疫治疗等。
药物治疗是基础手段。外用药物如维A酸类药物可调节细胞分化，促进疣体脱落，常用药物包括维A酸乳膏、他扎罗汀乳膏等。抗病毒药物如干扰素凝胶、阿昔洛韦软膏等，能抑制病毒复制。此外，免疫调节剂如咪喹莫特乳膏，通过刺激机体免疫系统来对抗病毒。
物理治疗对于去除疣体效果显著。液氮冷冻治疗通过低温使疣体坏死脱落；激光治疗则利用高能量激光束摧毁疣体组织；电灼治疗适用于数量较少的扁平疣，通过高频电刀将疣体烧灼去除。
免疫治疗是辅助手段，通过提高机体免疫力来对抗病毒。可使用免疫调节剂如转移因子、胸腺肽等，或者注射干扰素来提高抗病毒能力。
对于顽固性或泛发的扁平疣，还可考虑光动力治疗，通过在皮肤表面涂抹光敏剂后照光的方式清除疣体。
中医治疗包括口服中药和外用中药，可根据患者体质进行辨证论治，调节机体平衡，增强免疫力。
综上所述，治疗扁平疣需综合考虑多种方法，根据患者的具体情况制定个性化治疗方案，以达到最佳治疗效果。